合作合同糾紛可以采取以下方法解決：雙方當事人自行協商解決。調解解決。如果協商無法解決糾紛的，可以申請第三方介入進行調解解決。訴訟解決。如果調解和協商無法解決糾紛，或者不想調解或者協商解決的，可以通過向法院提起訴訟的方式解決糾紛。法律依據：《中華人民共和國合同法》第一百二十八條當事人可以通過和解或者調解解決合同爭議。當事人不愿和解、調解或者和解、調解不成的，可以根據仲裁協議向仲裁機構申請仲裁。涉外合同的當事人可以根據仲裁協議向中國仲裁機構或者其他仲裁機構申請仲裁。當事人沒有訂立仲裁協議或者仲裁協議無效的，可以向人民法院起訴。當事人應當履行發生法律效力的判決、仲裁裁決、調解書;拒不履行的，對方可以請求人民法院執行。
勞務合同與合作合同的區別有哪些?
勞務合同是指以勞動形式提供給社會的服務民事合同，是當事人各方在平等協商的情況下達成的，就某一項勞務以及勞務成果所達成的協議。一般是獨立經濟實體的單位之間、公民之間以及它們相互之間產生。
而合作合同是指雙方或多方簽署以進行投資活動而不另成立法人的文件。合作雙方當事人約定的內容只能在法律規定的范圍內，不能約定超過規定的范圍的也就是屬于禁止投資的領域或行業;注意還不能約定名為合作企業合同實際上卻為借款合同;逃避稅收也不能進行約定;約定違反外匯治理方面的規定的也是不可取的。
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